2009年5月9日，卫生部办公厅颁布了《甲型H1N1流感诊疗方案（2009年试行版第一版）》（以下称《诊疗方案》）。在《诊疗方案》中，从普通老百姓可以辨别的临床表现和专业医学的实验室表现两个方面进行了阐述。
在临床表现中，表现为流感样症状，包括发热（腋温≥37.5℃）、流涕、鼻塞、咽痛、咳嗽、头痛、肌痛、乏力、呕吐和（或）腹泻。
可发生肺炎等并发症。少数病例病情进展迅速，出现呼吸衰竭、多脏器功能不全或衰竭。
患者原有的基础疾病亦可加重。
针对临床表现，符合下列情况之一即可诊断为疑似病例：
1.发病前7天内与甲型H1N1流感疑似或确诊病例有密切接触（在无有效防护的条件下照顾患者，与患者共同居住、暴露于同一环境，或直接接触患者的气道分泌物或体液），出现流感样临床表现。
2.发病前7天内曾到过甲型H1N1流感流行（出现病毒的持续人间传播和基于社区水平的流行和暴发）的国家或地区，出现流感样临床表现。
3.出现流感样临床表现，甲型流感病毒检测阳性，但进一步检测排除既往已存在的亚型。
在《诊疗方案》中，针对临床表现的三个不同阶段给出了中医辩证治疗方案：
1.毒袭肺卫
症状：发热、恶寒、咽痛、头痛、肌肉酸痛、咳嗽。
治法：清热解毒，宣肺透邪。
参考方药：炙麻黄、杏仁、生石膏、柴胡、黄芩、牛蒡子、羌活、生甘草。
常用中成药：莲花清瘟胶囊、银黄类制剂、双黄连口服制剂。
2.毒犯肺胃
症状：发热或伴有恶寒、恶心、呕吐、腹痛腹泻、头痛、肌肉酸痛。
治法：清热解毒，化湿和中。
参考方药：葛根、黄芩、黄连、苍术、藿香、姜半夏、苏叶、厚朴。
常用中成药：葛根芩连微丸、藿香正气制剂等。
3.毒壅气营
症状：高热、咳嗽、胸闷憋气、喘促气短、烦躁不安、甚者神昏谵语。
治法：清气凉营。
参考方药：炙麻黄、杏仁、瓜蒌、生大黄、生石膏、赤芍、水牛角。
必要时可选用安宫牛黄丸以及痰热清、血必净、清开灵、醒脑静注射液等。
鉴于这三个阶段从轻到重，应及时提早预防及治疗，三精双黄连，银黄胶囊，莲花清瘟胶囊作为比较成熟的中成药家用应提早预备，并且及时到医院就诊，就诊拨打120，不要乘坐公共交通系统。

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